特征性的是表皮细胞内出现多数细胞质内包涵体，称为软疣小体。其小体挤压每个受损细胞的细胞核，使胞核呈弯月状，位于细胞的边缘；软疣小体由嗜伊红变成嗜碱性，在角质层可见多数35μm直径大小的嗜碱性软疣小体，若中心的角质层破裂，排出软疣小体，形成有中心的火山口样。毛囊性传染性软疣，真皮内有多数扩大的毛囊，其中充满了软疣小体。
电镜观察：细胞质内可见到病毒颗粒。
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